專項審計調查與專項審計在目的、程序、對象、要求、作用等方面具有各自的特點。二者雖然都是審計法賦予審計機關的職責，但在一些具體方面是有所區別的。

　　從目的看，二者是相同的，都是為國民經濟的宏觀正常運轉服務。即從微觀入手為宏觀服務，但就專項審計的目的而言，主要是對某個單位或行業財政財務收支的真實、合法、效益性的確認和評價。而審計調查的目的是針對經濟生活中存在的突出問題或對一些方針政策的實施情況開展有針對性的調查，目的性更強。

　　從程序看，專項審計調查是以審計為基本手段的調查，這是與其他行業調查的區別所在。審計的規范、準則同樣適用于審計調查。但畢竟調查不是審計，在程序上是有區別的。審計署關于審計調查的準則規定，調查可征求意見，出具調查報告，相比專項審計的審計報告需要征求被審計單位意見，出具意見書、決定書的規定來說，程序上簡化一些，有利于提高工作效率。如一是在通知書方面。專項審計調查通知書在實施審計調查前送達被調查單位即可，沒有提前3日送達的要求。二是在報告征求意見方面。專項審計調查組可根據工作需要決定，可以向或不向被調查單位征求意見。三是在審計機關報送專項審計調查報告。經審計機關審定后，再向本級人民政府和上級審計機關報告審計調查結果。無須向被調查單位出具審計意見書和審計決定書。

　　從工作內容、對象范圍看，專項審計是審計機關依法對被審單位的財政財務的真實、合法、效益情況進行審計監督，工作內容比較單一，而專項審計調查，則是對國家財政財務收支有關的或本級政府交辦的特定事項進行專門調查，對與國民經濟健康運行息息相關的宏觀問題進行觀察、分析、判斷，并提出建設性意見和建議，涉及的面比較廣。專項審計的對象通常是一個單位或個人，涉及的對象范圍比較窄，具有明顯的微觀性。專項審計調查客觀上要求有一定的量和面，可同時針對全行業或不同法人單位就擬定的內容開展調查，對象范圍要廣，具有較強的宏觀性。如《審計法》第27條規定，專項審計調查不僅可以針對有關地方、部門進行，靈活性較強。

　　從對審計人員的要求看，經過多年的積累和規范，專項審計有較固定的模式，對審計人員的要求主要集中在以財政財務知識為基礎，對各項會計準則和審計準則的正確把握。而專項審計調查不僅要求審計人員有查賬的知識，更側重與調查內容相適應的管理知識、專業知識、政策水平，要了解國家的大政方針等等。寫作水平相對要求高，調查報告不僅要揭示存在的問題，更要有問題的成因分析，要有調查結論和改進建議。

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